Sau sự kiện mùa đầu tiên kết thúc với cảnh tổ chức tình báo Citadel chính thức sụp đổ, Mason và Nadia dù đã lấy lại được phần lớn ký ức nhưng chưa bao giờ được hưởng một ngày yên ổn. Truyền thông toàn cầu vẫn treo thưởng hàng triệu đô la cho cái đầu của hai người, vì Tổ chức Manticore đã dựng chuyện họ là kẻ phản bội phá hủy Citadel, còn Bernard thì phải ẩn mình trong một boongke cũ kỹ dưới lòng đất ở vùng núi Alps, chỉ dám liên lạc qua những kênh mã hóa lỗi thời. Chưa kịp xếp lại cuộc đời, bộ ba lại đón nhận một âm mưu mới đáng sợ hơn nhiều: Manticore không còn thỏa mãn với việc thao túng từng chính phủ nhỏ lẻ nữa, bọn chúng đã hoàn thiện công nghệ xóa trí nhớ hàng loạt bị đánh cắp từ Citadel, dự định triển khai lên toàn bộ hệ thống vệ tinh toàn cầu trong vòng 6 tháng tới. Đây là mối đe dọa cấp độ toàn cầu chưa từng có, có thể xóa sạch bản sắc, ký ức của toàn bộ nhân loại, biến hàng tỷ người thành con rối dưới tay tổ chức này. Không còn lựa chọn nào khác, Mason, Nadia và Bernard buộc phải gạt bỏ mọi hiểu lầm chưa giải quyết từ mùa trước để tái hợp. Họ lặn ngụp khắp các hang ổ tình báo chợ đen để tuyển mộ những đặc vụ "khác người" – những người không chịu sự kiểm soát của Manticore, cũng chẳng màng danh lợi gì với chính phủ các nước. Có gã hacker Nigeria chỉ nhận nhiệm vụ nếu được thưởng bằng những xiên suya cay xè, có nữ bắn tỉa Nga đã nghỉ hưu mùa đông nào cũng mang theo một con mèo lông xù đi khắp chiến trường, hay gã chuyên gia đánh cắp danh tính Thái Lan có thể giả dạng bất cứ ai chỉ trong 3 phút. Mỗi người một tính cách kỳ quặc, nhưng tất cả đều có chung một mục tiêu: ngăn chặn Tổ chức Manticore. Những nhiệm vụ họ thực hiện trải dài khắp thế giới, từ việc đột nhập vào kho vũ khí ngầm của Manticore giữa vùng băng giá Svalbard, đến rượt đuổi qua các ngõ hẻm tối tăm của Bangkok, rồi đột kích vào một buổi diễn opera ở Milan để trích xuất dữ liệu từ máy chủ của chi nhánh Manticore châu Âu. Chính tại Milan, họ vô tình bắt gặp dấu vết liên quan đến Diana – nữ đặc vụ Italy từng là một phần của mạng lưới Citadel khu vực, nhân vật chính trong phần ngoại truyện Citadel: Diana (Ý) đã ra mắt trước đó. Bộ ba nhận ra đường dây của Manticore ở châu Âu hoàn toàn do Diana và đồng đội của cô ấy đang theo dõi, từ đó mở ra mối liên kết chặt chẽ với cốt truyện của phần phim Italy này. Không dừng lại ở đó, khi theo dấu các lô hàng linh kiện công nghệ của Manticore, họ bị cuốn vào mạng lưới ngầm ở Mumbai, nơi gặp gỡ nhóm của Honey Bunny – nhân vật chính trong phần ngoại truyện Citadel: Honey Bunny (Ấn Độ) cũng đã phát hành trước đó. Những manh mối từ Mumbai cho thấy Manticore đã sử dụng hệ thống đường phố phức tạp của Ấn Độ để tuồn lậu công nghệ xóa ký ức vào châu Á, kết nối trực tiếp với cốt truyện của phần phim Ấn Độ mà không hề gượng ép. Chính vì vậy, Citadel (Phần 2) đóng vai trò cầu nối cực kỳ quan trọng trong toàn bộ vũ trụ gián điệp này. Trước đây, khán giả vẫn coi Citadel: Diana hay Citadel: Honey Bunny là những câu chuyện độc lập, ít liên quan đến dòng chính, nhưng phần 2 này đã khéo léo lồng ghép các nhân vật, sự kiện từ hai phần ngoại truyện vào mạch truyện chung, tạo nên một vũ trụ gián điệp đa quốc gia thực sự thống nhất, không còn cảm giác rời rạc như các franchise khác hay mắc phải. Không ngoài dự đoán, mùa phim này được đánh giá là mang đậm phong cách "bom tấn Hollywood" bậc nhất trong các series gián điệp hiện nay. Ekip sản xuất không ngần ngại chi mạnh tay cho kỹ xảo và thực tế: các cảnh cháy nổ đều dùng thuốc nổ thật thay vì CGI nhợt nhạt, tạo ra những cột lửa bùng cao hàng chục mét, khói mù mịt bao trùm cả trường quay. Những phân cảnh hành động cận chiến được quay gọn gàng, không cắt ghép quá nhiều để tạo độ chân thực, đặc biệt là trận đánh trên chuyến tàu cao tốc chạy qua sa mạc Rajasthan hay màn vật lộn trên nóc xe tải đang chạy giữa phố cổ Milan, đều khiến khán giả thót tim. Tất cả các cảnh quay này đều được thực hiện trực tiếp tại các địa điểm thực tế trên thế giới, từ dãy Alps lạnh lẽo đến những bãi biển nhiệt đới ở Thái Lan, không dùng phông xanh giả tạo, mang lại cảm giác sống động mà hiếm series nào làm được.