Cuộc Chiến Chống Lại Chúa tể Hệ thống - Từ Hỏa Ngục Đến Kẻ Thù Kỳ Cũ
Phần thứ sáu của Stargate SG-1 tiếp tục đặt Đội SG-1 vào vị trí trung tâm của cuộc chiến sinh tồn chống lại thế lực xâm lược bá chủ vũ trụ: Đế chế Goauld, đặc biệt là mối đe dọa từ tầng lớp Chúa tể Hệ thống quyền lực và tàn bạo nhất. Sự trỗi dậy nguy hiểm của chúng là một trong những chủ đề xuyên suốt của cả mùa phim, buộc đội phải chiến đấu trên nhiều mặt trận khác nhau.
Thời kỳ Sokar - Hồn ma từ Cõi Chết trở lại:
Những tập đầu tiên của phần 6 (đặc biệt là tập hai phần "The Serpent's Lair" và "Chain Reaction") đặt Đội SG-1 trước một thách thức không tưởng: sự tồn tại trở lại của Sokar, một trong những Chúa tể Hệ_system lâu đời và tàn ác nhất từng được biết đến. Sokar, được cho là đã chết từ lâu, đã bất ngờ quay trở lại với sức mạnh khổng lồ và một kế hoạch hủy diệt quy mô. Hắn không chỉ tập hợp lại lực lượng mà còn lấy được công nghệ cực tiến của tàu vũ trụ Ha'tak từ tay vị lãnh đạo cũ là Heru'ur, trong tập "The Serpent's Lair".
Điểm đáng sợ nhất của Sokar chính là sự kiêu ngạo tột độ và tài năng thao túng tâm lý. Hắn đã biến mặt trăng Netu của hành tinh Delmak thành một "hỏa ngục" trên thực tế, giam giữ những kẻ thù và tù nhân của mình trong điều kiện tồi tệ nhất. Tập "The Devil You Know" (cùng phần tiếp theo "Demons and Angels") đã tập trung sâu vào hành trình đầy nguy hiểm của SG-1, bao gồm cả O'Neill, Carter, Daniel Jackson và Teal'c, khi họ xâm nhập vào chính "tứ địa ngục" của Sokar để tìm kiếm đồng minh và thông tin. Đây là một màn đấu trí và sinh tồn đầy căng thẳng, buộc đội phải đối mặt với cả tên lính quỷ của Sokar lẫn chính sự tàn nhẫn của kẻ thù. Mục tiêu của họ là phá kế hoạch tái thiết đế chế của Sokar và ngăn hắn trở thành mối đe dọa vô cùng lớn. Tuy nhiên, chiến thắng đắt giá này đã mở đường cho một kẻ thù cũ, nguy hiểm hơn cả, trỗi dậy từ tro tàn.
Sự Hồi Sinh Kỳ Kỳ Của Apophis - Kẻ Thù Không Bao Giờ Chết Thật:
Ngay trong tập "The Devil You Know", cái chết bi thảm của Sokar do chính tạo vật của mình thực ra lại là một cú đòn ngược. Sokar không chết một cách hoàn toàn. Khoảnh khắc hắn sụp đổ, linh hồn (hay thực thể năng lượng) của hắn đã bị hút vào thi thể còn sự sống của một người lính Goauld bị thương nặng, đang được cứu chữa bởi bề dưới của Sokar là Zipacna. Sự kết hợp ngẫu nhiên nhưng kinh hoàng này đã vô tình tạo điều kiện cho một kẻ thù mà Đội SG-1 đã đấu tranh suốt nhiều năm quay trở lại, mạnh mẽ hơn bao giờ hết: Apophis.
Sự hồi sinh của Apophis trong tập "The Changeling" (tập 11) như một cú sốc đến toàn bộ hệ thống quyền lực Goauld. Lợi dụng sự hỗn loạn sau cái chết của Sokar và chính xác là sự cơ hội do Sokar tạo ra cho hắn, Apophis nhanh chóng chiếm đoạt toàn bộ thế lực của Sokar, bao gồm cả mạng lưới quan hệ và hạm đội hải quân không gian của hắn. Hắn trở thành một trong những Chúa tể Hệ thống quyền lực hàng đầu, ngang ngửa với Ba'al. Sự trở lại này không chỉ là sự hồi sinh thể xác, mà còn là sự trở lại của bản chất đa nghi, tàn nhẫn và đặc biệt là sự khao khát giải quyết dứt điểm với "những con kiến" Trái Đất đã gây ra không ít phiền phức cho hắn – nhất là Teal'c và còn cả Daniel Jackson trong một số sự kiện.
SG-1 giờ đây phải đối mặt với kẻ thù quen thuộc nhưng cũng là kẻ thù ngày càng lớn mạnh và nguy hiểm hơn bao giờ hết. Apophis, với sự trả thù cá nhân và tham vọng tột bậc đang thúc đẩy hắn, trở thành một mối đe dọa trực tiếp và rất cá tính. Đội phải đối mặt với hắn trên nhiều phương diện: từ các cuộc giao tranh không gian trực tiếp giữa tàu vũ trụ, các nhiệm vụ đặc biệt đột nhập vào các căn cứ của hắn, đến cả những trận chiến tâm lý. Mặc dù sức mạnh và sự uy tín của hắn chưa phải là tối cao như thời điểm đỉnh cao trước đây (khi hắn thống trị gần như toàn bộ Goauld), nhưng Apophis với sự kiêu ngạo và quyết đoán độc nhất vô nhị của hắn, vẫn là một trong những mối nguy hiểm cấp bách nhất mà SG-1 phải đối phó trong phần 6. Sự trỗi dậy của Apophis, nhậm quyền từ chính cái chết của Sokar, đặt Đội SG-1 vào một cuộc chiến thậm chí còn khó khăn và hy sinh hơn trước, trong một cuộc đấu tranh sinh tồn không ngừng nghỉ chống lại Đế chế Goauld lộng lẫy tàn bạo.