Câu chuyện của IS: Infinite Stratos 2 - World Purge-hen bắt đầu khi Ichika Orimura, một chàng trai tài năng và đầy tham vọng, quyết định đến thăm các phòng thí nghiệm của Kuramochi Engineering, một trong những công ty công nghệ hàng đầu trong lĩnh vực Infinite Stratos. Trong khi Ichika đang trên hành trình, một kẻ thù không xác định và đầy bí ẩn đã đột nhập vào lõi của Học viện IS, một trong những cơ sở đào tạo và nghiên cứu Infinite Stratos hàng đầu trên thế giới. Kẻ thù này đã làm tê liệt các hệ thống của Học viện IS, tạo ra một tình thế khẩn cấp và đầy nguy hiểm. Học viện IS, một cơ sở đào tạo và nghiên cứu Infinite Stratos hàng đầu, đã trở thành mục tiêu của kẻ thù, và các hệ thống của nó đã bị tê liệt. Điều này đã tạo ra một tình thế khẩn cấp, và các nhân vật trong phim phải hành động nhanh chóng để cứu viện và khôi phục hệ thống. Câu chuyện của IS: Infinite Stratos 2 - World Purge-hen sẽ theo dõi hành trình của Ichika và các nhân vật khác khi họ phải đối mặt với kẻ thù không xác định và đầy bí ẩn, và phải tìm cách khôi phục hệ thống của Học viện IS. Trong khi đó, họ sẽ phải đối mặt với các thách thức và nguy hiểm khác, và phải làm việc cùng nhau để cứu viện và bảo vệ Học viện IS.