Diễn ra một năm trước khi Zentraedi đến Trái đất, Macross Zero ghi lại những ngày cuối cùng của cuộc chiến giữa U.N. Spacy và những người chống lại U.N. bè phái. Sau khi bị bắn hạ bởi máy bay chiến đấu mới nhất của lực lượng chống Liên Hợp Quốc, phi công xuất sắc Shin Kudo thấy mình đang ở trên hòn đảo Maya xa xôi, nơi công nghệ gần như không tồn tại.